1602年，李贽在狱中以刺刀自刎，死后，被称为牺牲自我。这一评论不能不使人感到怀疑。李贽的著作不容于当时而屡被官方禁止，但是仰慕他的人则不顾禁令而不断加以重印。这些著作，虽然篇幅浩瀚，然而并没有在历史上开拓出一条新路。李贽并不缺乏勇气，但是通常来说，这样类型的作家如果发现了崇高的真理而愿意为之牺牲自己，他的文字中间就会表现一种燃烧性的自我满足和欣快。这些特点不能在李贽的著作中见到。
少数的评论者，竟说李贽站到了下层民众的立场上，批判了剥削农民的地主阶级。这种论调自然更属于无稽。他在1580年离开姚安知府的职务以后，一直倚靠朋友中地主绅士的周济以维持生活，而他从也不觉得接受这些周济有任何不妥。这个社会容许他不耕而食，但是他从来没有提出应当改组。如果在某些地方批判了他的地主官僚朋友，那也只是着眼在私人的性格和品德，而从没有提到经济立场，同时他也明确指出这种评语可以同样适用于自己。在若干场合，他一方面自我批评，一方面又自我怜惜。在给侍郎周思敬的信里，他说：“今年不死，明年不死，年年等死，等不出死，反等出祸。然而祸来又不即来，等死又不即死，真令人叹尘世苦海之难逃也。可如何！”在这种语调中看不出丝毫自我牺牲的意味，也就是说，写信的人并没有能以燃犀烛照的锐利眼光看透社会的痼弊，立下“与汝偕亡”的决心。
但是李贽对这个社会具有理智上的关心，则属毫无疑义。这种关心和信仰自由有其相通之处，在它的后面有社会经济的背景，也有与他所处的社会环境有特别的关联，而其个人的心理上和哲学上的特点尤其不能忽视。这些条件只能更把李贽构成为一位特色鲜明的中国学者，而不是一位在类似条件下的欧洲式的人物。
李贽是儒家的信徒。1587年以前，他已经按照儒家的伦理原则完成了对家庭应尽的一切义务。次年，他即剃发为僧，时年六十一。剃发的原因是他的环境已经允许他抛却呆板、拘束的生活，得以寻求个性的自由发展。这不等同于一般意义上的遁世，不论从理智上看还是从社会关系上看，他此后的言行实际上代表了全国文人的良心。当被捕后接受讯问，他回答说：“罪人著书甚多具在，于圣教有益无损。”这种精神和路德的倔强相似。他认为每个人都可以根据自己的意见解释经典，这也和宗教革命的宗旨，即几信徒即为长老的态度相似。但李贽没有路德的自恃，也缺乏伊拉斯谟斯的自信。在他自裁以后气绝以前，他用手指写了王维的一句诗以解释他的死因：“七十老翁何所求！”其消极悲观的情绪已显然可见。
李贽的悲观不仅属于个人，也属于他所生活的时代。传统的政治已经凝固，类似宗教改革或者文艺复兴的新生命无法在这样的环境中孕育。社会环境把个人理智上的自由压缩在极小的限度之内，人的廉洁和诚信，也只能长为灌木，不能形成丛林。都御史耿定向是李贽的朋友、居停和论辩的对手，李贽曾屡屡对他作过不留情面的抨击，批评他缺乏诚信。然而，李贽还以同样不留情面的态度解剖自己，指责自己缺乏诚信；“志在温饱，而自谓伯夷叔齐：质本齐人，而自谓饱道妖德。分明一介不与，而以有莘借口；分明毫毛不拔，而谓杨朱贼仁。动与物迕，心与口违。”他还怀疑自己用佛门的袈裟遮掩了“商贾之行之心”，“以欺世盗名”。这种奇怪现象的症结，在于内心矛盾的剧烈交战而无法自解。
李贽于1527年生于福建泉州。他的家族原姓林，后来改姓李。六世祖林努是泉州的巨商，以贸易往来于波斯湾，娶“色目女”，可能就是印度欧罗巴种的女人。在其后相当的时间内，他的祖先仍然和混血的家庭和伊斯兰教的信仰者往来，一直到曾祖父一代，他家庭中的国际色彩才归于消失，李贽本人则从小就在中国传统文化的影响下长大成人。
到李贽这一代，他的家道早已中落。1552年，他得中举人。中举后因为经济困难，不能再耐心拼得进士及第的资格，即要求循例在政府中任职。之后，他多年沉浮于下僚，位卑俸微，郁郁不得志。1559年，又因为父亲死去而停职丁忧。服满后入京求职，等待了一年零八个月，才得到了一个国子监教官的职位。候补期间，以教书糊口。他生有4个儿子3个女儿，但除了大女儿以外，其他都不幸夭殇。据李贽自己说，有一次他有7天没有吃到多少东西，最后甚至饥不择食，不能分辨“稻粱”和“黍稷”的差别。
1563年，他的祖父去世。上司和朋友根据当时的习惯，送给了他相当丰厚的赙仪。至此，他下了一个重要的决心。他把全部款项的一半在他做过教官的河南购置地产一处，以为妻女衣食之资，让她们留在河南，余下的一半则由他自己携回福建。他所需要安葬的不仅是新去世的祖父，而且还有祖先三代的灵枢五口。按照一般的风俗，安葬先人，必须讲求风水，选择吉地，以期后人的飞黄腾达，否则宁可把灵枢长期停放。当时，李贽还在文官的下层中挣扎，虽然祖父刚刚去世，但是曾祖父的灵柩已经停放了50年，环境逼迫他迁就现实，在可能的条件下一起埋葬，但求入土为安而不再作过高的奢望。这一问题的解决，多年之后还使李贽感到已经恪尽了自己的职责。
然而这一个决定却增加了他妻子的负担。她不愿意在去家数千里之外无依无靠地独撑门户，而且她也有自己的孝思。她的母亲年轻时居孀，历经辛苦，把她抚育成人，这时由于思念女儿，朝夕哭泣至于“双眼盲矣”。但是李贽手头的款项毕竟有限，不可能在丧葬之外再携家往返，所以只能忍心拒绝了她一起返回泉州的请求。他们一别三年，等到重新聚首，她才告诉他两个女儿因为当地饥谨，营养不良而死。这一不幸的消息当然使他伤痛不已，当晚与妻子“秉烛相对，真如梦寐”。
李贽在河南共城任儒学教谕3年，在南京和北京国子监任教官各数月，在礼部任司务5年，又调任南京刑部员外郎又近5年，最后才被任为云南姚安府知府，时在1577年。在就任知府以前，他的官俸极为微薄，甚至不足糊口。只有在知府任上，才有了各项“常例”和其他收入，遂渐有所积蓄。
这种似合法又似非法的收入并没有使李贽感到不安。他并不像海瑞一样，以为官俸定额以外的一丝一毫收入都属于贪污。他以特行卓识而见称于当代和后世，但在这个问题上却和常人有相同的看法，即做官的目的本来就是名利。他的诚实在于能够坦白承认这一目的，而不打出去绝私欲、为国为民等等高尚的幌子。这就接触到了一个更为根本的问题：我们是否应该让每个人公开承认自己的私心也就是自己的个人打算，以免口是心非而阴阳混淆？
使李贽感到不安的倒是他的妻子。她是一位标准的贤妻良母，只要对丈夫的事业有利，她能够忍受一切乃至牺牲一切，但是她不能理解丈夫的精神世界。他一心想要创造独立的思想和人格，离开了独立，他的内心就得不到满足。也是基于这种精神，在1580年姚安府任满以后他决定退休。当时他年方53岁，正值官司运亨通，一帆风顺，这种出乎意外的决定对她也不能不是一种可击。然而她依然是顺从，和丈夫一起迁到湖广黄安，寄居在耿氏兄弟家里。可是李贽后来又和耿定向闹翻，又决意搬到附近麻城的佛堂中去居住，她这才不得不独自回到离别了20年的故乡泉州。直到1587年，她临死以前，她曾多少次向他呼吁，要他回到泉州。当她的死讯传来，李贽曾写了6首诗表达当时的伤感。诗中称赞她的贤淑，说“慈心能割有，约已善治家”，夫妻40年来未曾反目，只是由于不能理解“丈夫志四海”的宏猷，在给女婿的信里，李贽提到在听到噩耗以后，没有一夜不梦见她，文字的凄怆，令人不忍卒读。好几年以后，他还劝告朋友不要轻易削发为僧，尤其是有近亲的人更要三思而后行。这种劝告，不妨看成这位充满矛盾的哲学家的一次自我忏悔。