倭寇入侵的原因，与国际贸易有不可分割的关系。本朝禁止民间的海运通商，虽然律有明文，但是实际上却无法彻底执行。东南沿海的走私贸易，由来已久，好多不同国籍的冒险家纷至沓来。这些冒险家所使用的船只，最大的长达100尺，宽达30尺，船壳厚达7寸，超过了中国战舰的规模。据记载，在这些冒险家出没的极盛时期，每天有大小船只1200余艘在中国海岸活动，数字似属夸大，但是利之所在，熙来攘往，已不在话下。其贸易的区域从日本各岛至暹逻湾，状如一弯新月。在中国政府海上巡逻力量所不能达到的近陆岛屿上，他们指定了走私贸易的港口。由于没有一个法庭可以解决买卖双方间合同和债权的种种纠纷，十多个有力量的中国船主以武力作为后盾充当了仲裁者，并因而逐渐被认为海上权威，成了海盗的头目。
这些海盗头目声威赫赫，和当地的士绅互相勾结，甚至结为婚姻之好。他们公然在沿海修理船只，而且勒令村民接受他们的传讯。这种海上权威虽然尚属萌芽，但任之滋长发育，则必然会威胁我们这个以农业经济为基础的政府。
海盗肆无忌惮的活动，迫使政府不得不采取强硬的对策。然而冲突一开，我们在政治和军事上的虚弱即暴露无遗。高级指挥官无法确知部下战士的实际数额，也弄不清究竟有多少战船可以调配使用。下级军官在部队出发之前先要向地方富户勒索兵饷给养。而一旦发生战斗，有的部队干脆望风而逃，有的部队虽然敢于迎战，但由于墨守密集队形的战术，往往造成“一人失利，万人奔溃”的后果。而可歌可泣的作战，却反而出现于仓猝集合的民兵以及各地生员所组织的保卫家乡之情景中。
在日本方面，充当海寇的武士，来自山口、丰后、大隅、萨摩、博多湾、对马和五岛列岛。他们既无统一的领导，也无长远的作战目的。起初，他们有一个空中楼阁式的希望，以为和中国海盗的联合军事行动可以迫使中国政府开放对外贸易，而他们中的领导人也可以受到招安而荣获海陆军将领的官衔。这些希望在总督胡宗宪发动的一次行动之后终于成为泡影。胡宗宪以招安为诱饵，使这些海盗头目束手就擒，而后又把他们的头颅送到北京邀功。这种措置只能激起日本的侵犯者更大规模的来犯，并且使今后的屡次入侵更缺乏政治意义，其惟一的目的只在于劫夺财货。
这些日本海寇虽然在上层缺乏统一的领导，但下层的组织力量则不可忽视。虽然是杀人越货，也表现了日本下层社会结构的严密性。据目击者记载，不论作战或宿营，倭寇的小头目对下级战士能施以极严格的纪律管制。各个小股部队战法一致，也表示了他们并非仓猝招募而来的雇佣兵。他们不断地以寡敌众，击败了数量上占优势的中国官军，而中国的农民造反，却大抵缺乏这种能力。
这些海寇乘坐可以装载百人左右的船只登陆。大举入侵时，常常集结30-50艘船只，人数多达几千。在他们的凶焰最为高炽之际，可以有两万人据守占领区内的军事要地。本地的居民在威逼利诱之下也有不少人参与他们的行列，其中有的人在以后被押送至日本作为奴隶。他们劫掠的物品不限于金银珠宝，根据需要和可能，他们也夺取内河船只和其他商品。有一段记载提到他们曾大批搜集蚕茧并勒令妇女们缫丝。这种情况业已与占领军在当地组织生产没有多少差别。
在入侵的初期，他们几乎战无不胜，主要原因在于战术的优势和武器的精良。他们能极其娴熟地使用双刀，并且和近旁的伙伴保持密切的联系，互为呼应，协同作战。颇为特异的是，他们的指挥信号乃是班排长手中的折扇。当双方开始接触，班长排长把折扇往上一挥，他们的部下就以刀锋向上。当对方的注意力为这种动作所吸引，他们就突然倒转刀锋迎头砍下。这种双刀的长度不过5尺，但在一个熟练的使用者手中挥舞，一片刀光，使“上下四方尽白，不见其人”，可以在一丈八尺的方圆之内杀伤对方。其他常见的武器还有弓箭和标枪。据记载，“倭竹弓长八尺，以弓蹈其绡，立而发矢。……镞宽二寸，……近身而发，无不中者”，所掷的标枪“不需竿，突忽而掷，故不测”。至于火器，似乎并没有为他们所重视。虽然戚继光说过鸟铳由日本传来，但在记录上却看不到倭寇曾有效地使用这种武器。他们偶而使用的火炮，看来也是在中国俘获的战利品。
倭寇的基本战术是派遣30人以下的小部队进入村落，这些小部队的进止必在严密的互相照顾之下。协同的信号是令人战栗的海螺声。这些入侵者善于使用当地的向导，并熟练地派遣尖兵和斥候，有层次地展开兵力，并以佯攻、驱使难民在队伍的前面等等方式，造成中国官军的扰乱和疑惑。中国官军根本无法对付这一套战术，即使是士气最为高昂的部队，他们的对策也不过是仅凭血气之勇猛冲敌阵，既无有效的队形，又缺乏侧翼和后续部队的接应，其经常遭到失败就为势所必然。南直隶和浙江两省，河流湖泊极多，官军溃退时有如狼奔豕突，被践踏或被挤落水致死者也为数累累。有一次总督胡宗宪也在败退之中被推落水，几乎淹见。
除此以外，倭寇在和大部队官军遭遇时，还采取另一种战术，即先取守势以减杀官军的锐气，或者制造恐怖气氛使官军陷入心理上的劣势，然后待机出击。戚继光下面的一段记载可以作为说明：“余数年百战，但见诸贼据高临险，坐待我师，只至日暮，乘我惰气冲出；或于收兵错杂，乘而追之。又能用乘锐气，盛以初锋。又其盔上饰以金银牛角之状，五色长丝，类如神鬼，以骇士气。多执明镜，善磨刀枪，日中闪闪，以夺士目。故我兵持久，便为所怯。”
所以，总结以上的情况，不论官方文件如何强调这一战争是政府的官军围剿海贼，实际上却是中国的外行对付职业化的日本军人。
戚继光着手组织他的新军，兵源不是来自军户和卫所，而是另行在浙江省内地招募的志愿兵。由于政府已深切理解事态的严重性，所以不得不批准他的组织新军的计划，并且加征新税作为招募和训练的费用。对于这种支持，戚继光在对士兵所作的训话中就告诫他们应该知所感激。他说：“你们当兵之日，虽刮风下雨，袖手高坐，也少不得你一日三分。这银分毫都是官府征派你地方百姓办纳来的。你在家那个不是耕种的百姓？你思量在家种田时办纳的苦楚艰难，即当思想今日食银容易。又不用你耕种担作，养了一年，不过望你一二阵杀胜。你不肯杀贼保障他，养你何用？就是军法漏网，天也假手于人杀你！”
道德义务的劝说加上群众固有的宗教信仰，使戚继光得以在所招募的新兵中建立铁一般的纪律。上文所说的“连坐法”虽然不可能经常被不折不扣地执行，但其杀一儆百的恐吓力量已足以使部队在强敌之前不易击溃。他所制定的赏罚原则并不完全决定于战斗的胜负。即使大败，有功者仍然要给予奖赏；相反，即使大胜，作战不力和临阵脱逃者仍然要受到处罚。在他的一本奏折里提到1562年的一次战役：他命令部队夺取一座倭寇占领的石桥，第一次进攻失败，一哨军官36人全部阵亡。第二哨继之而上，又损失了一半的人员。这时剩下的官兵企图后退。在现场督战的戚继光手刃哨长，才使攻势得以继续不衰，最终击破敌阵，大获全胜。而这次胜利，也就成了他一生中最值得纪念的事件之一。