万历当然不会同意张先生的请求。他向张先生和大伴冯保表示，奏事的人必须受到惩处。张居正于是面奏说，任何人替陛下做事，都免不了作威作福。因为误事的官员必须降黜，尽职的官员必须提升，所以不是威就是福。二者之外，难道还有其他？张居正的慷慨陈辞和冯保的支持加强了皇帝的决心。他于是决定，第一个攻击张居正的官员褫夺官阶，降为庶人。第二个攻击者已经明知朕意，仍然执迷倔强，即是蔑视君上，应该押至午门外，脱去袍服，受廷杖一百下。廷杖是本朝处罚文臣的标准刑具，很多人在受刑时被立毙杖下，幸而得存者也在**留下了永久性的伤痕。
这时张居正显示了他的宽容。他恳请对犯官免加体罚，改为流放到边远省份，受当地官吏的监视。这种雅量使万历极为感动，无端遭受别人的攻击，还要代这个人说情，可见他确实是不计个人恩怨，有古大臣之风。然而万历所不会理解的是，权倾朝野的张居正，他的作威作福已经达到了这样的程度：凡是他所不满的人，已经用不着他亲自出面而自有其他的内外官员对此人投井下石，以此来讨好首辅。果然，在几年之后，万历皇帝获悉当日免受杖刑的这位官员，竟在流放的地方死去，其死情极端可疑。
经过这种种争论，加上年事日长，每天攻读史书也可以从中借鉴前代的教训，万历皇帝终于逐渐理解了问题的症结。
本朝的君主制度有一点与历朝不同。以前各个王朝，凡君主年幼，必定有他的叔父、堂兄这样的人物代为摄政，而这恰恰为本朝所不能容许。按照规定，所有皇室的支系，包括皇帝的叔父、兄弟以至除皇太子以外的儿子，一到成年就应当离开京城到自己的封地，谓之“之国”。之国也就是就藩，其居于各省，有极为富丽闳大的王府和丰厚的赡养，但不得干预地方政事，而且非经皇帝同意，不得离开他的所在地。这种类似放逐和圈禁的制度，目的在于避免皇室受到支系的牵制和干涉。
与此相类似的制度是防止母后引用家人干政。后妃选自良家，但多非出自有声望的巨家大族。以万历的外祖家族为例，李伟家境贫寒，直到女儿被封为皇妃，他才得到了伯爵的封号。但所谓伯爵，不过是军队中的一个名誉军官，除了朝廷举行各项礼仪时位居前列以外，并没有任何特殊的权利，而且俸给甚低，甚至不敷家用。李伟在京城中大做揽纳物资于仓库的经纪，原因之一即在于此。他还有一个儿子，即慈圣太后的弟弟，身份却是宦官。
本朝在开国之初曾经设立过丞相的职位，但前后三人都为太祖洪武皇帝所杀，并下令从此不再设置，以后有敢于建议复设丞相者，全家处死。经过一个时期，内阁大学士在某种程度上就行使了丞相的职权。但从制度上来说，这种做法实有暧昧不明之处。
大学士原来属于文学侍从之臣。由于殿试时文理出众，名列前茅，就可以进入翰林院，给予博览群书的深造机会。翰林几经升转，其中最突出的人物就可以被任命为大学士，供职于文渊阁，其职责为替皇帝撰拟诏诰，润色御批公文的辞句。由于文渊阁是皇帝的文书机构，和皇帝最为接近，在不设丞相的情况下，这个机构的职权就由于处理政事的需要而越来越大，大学士一职也变成了皇帝的秘书而兼顾问，虽然他们并不负有名义上的行政责任。
在万历的祖父嘉靖皇帝以前，内阁大学士为3至6人，皇帝可能对其中的一人咨询较为频繁，但从名义上说，他和另外的几位大学士仍然处于平等的地位。这以后情况发生了变化，张居正名为首辅或称元辅，其他大学士的任命则出于他的推荐，皇帝在圣旨中也明确规定他们的职责是辅助元辅办事。大学士之中有了主次之分，造成了今后朝臣之间的更加复杂的纠纷局面。
本朝这种以阁臣代行相职的制度，来源于开国之君为了巩固政权而做出的苦心设计，目的是使皇权不被分割，也不致为旁人取代。这种皇帝个人高度集权的制度在有明一代贯彻始终。从理论上讲，皇帝的大权不应旁落，但这种理论并不总是能和实际相一致的。万历皇帝9岁临朝，又如何能指望他乾纲独断，对国家大事亲自来做出决定？多年之后，万历皇帝回顾当时的情形，也会清楚地记得他不过是把大伴冯保的指示告诉元辅张先生，又把元辅张先生的票拟按照大伴冯保的建议写成朱批。对于年幼的万历皇帝，张、冯两人都不可或缺。但在他冲龄之际，自然也决不可能预见到内阁大学士和司礼太监的密切合作，会给今后的朝政带来多么严重的后果。
一般人往往以为明代的宦官不过是宫中的普通贱役，干预政治只是由于后期皇帝的昏庸造成的反常现象，这是一种误解。诚然，有不少宦官出自贫家，因为生活困难或秉性无赖而自宫，进入内廷。但如果把所有的宦官统统看成无能之辈，不过以阿谀见宠，因宠弄权，则不符事实。从创业之君洪武皇帝开始，就让宦官参预政治，经常派遣他们作为自己的代表到外国诏谕其国王，派遣宦官到国内各地考察税收的事情也屡见不鲜。中叶以后，宦官作为皇帝的私人秘书已经是不可避免的趋势。皇帝每天需要阅读几十件奏章，这些奏章文字冗长，其中所谈的问题又总是使用儒家的传统观念和语言来加以表达，很不容易弄清其中问题的主次和它的真正含义，更不用说还夹杂了极多的专门名词和人名地名。所以皇帝必须委派五六名司礼监中的太监作为“秉笔大监”，由他们仔细研究各种题本奏本，向自己作扼要的口头汇报。秉笔太监阅读研究这些奏章需要付出很大的耐心和花费很多的时间，他们轮流值班，有时要看到夜半，才能第二天在御前对奏章的内容作出准确的解释。经过他们的解释，皇帝对大多数的奏章就只需抽看其中的重要段落、注意人名地名就足够了。皇帝阅读过的奏章，通常都要送到文渊阁由内阁大学士票拟批答。从道理上说，皇帝可以把大学士的票拟全部推翻而自拟批答。但这并不是常见的现象，因为这种做法表示了他对大学士的不信任，后者在众目睽睽之下会被迫辞职。按本朝的传统原则，为了保持政局的稳定，如果没有特殊事故，大学士决不轻易撤调，所以上述情况是必须尽量加以避免的。一个精明的皇帝能够做到让大学士的票拟永远体现自己的意图而不发生争执，这种微妙的关系又少不了秉笔太监的从中协调。
仅凭皇帝的宠信，目不识丁的宦官被擢升为御前的司礼大监，在本朝的历史上虽非绝无仅有，但也屈指可数。一般来说，秉笔太监都受过良好的教育。当他们在10岁之前，就因为他们的天赋聪明而被送入宫内的“内书堂”，也就是特设的宦官学校。内书堂的教师都是翰林院翰林，宦官在这里所受的教育和外边的世家子弟几乎没有不同；毕业之后的逐步升迁，所根据的标准也和文官的仕途相似。有些特别优秀的秉笔太监，其文字水平竟可以修饰出于大学士之手的文章辞藻。所以他们被称为秉笔，在御前具有如上述的重要地位，决非等闲侥幸。
他们和高级文官一样服用绯色袍服，以有别于低级宦官的青色服装。有的人还可以得到特赐蟒袍和飞鱼服、斗牛服的荣
宠。他们可以在皇城大路上乘马，在宫内乘肩舆，这都是为人臣者所能得到的最高待遇。他们的威风权势超过了六部尚书。但是这种显赫的威权又为另一项规定所限制：他们不能走出皇城，他们与文官永远隔绝，其任免决定于皇帝一个人的意志，他们也只对皇帝直接负责。
这种秉笔太监的制度及其有关限制，如果执行得当，皇帝可以成为文臣和太监之间的平衡者，左提右挈，收相互制约之效。然而情况并不能经常如此。前几十年就曾出现过刘瑾这样权倾朝野、劣迹昭著的太监，到此时，冯保既与张居正关系密切，而惟一足以驾驭他的皇帝又正值冲龄，因时际会，他就得以成为一个不同于过去“无名英雄”式的宦官。当然，在小皇帝万历的心目中，绝不会想到他的大伴正在玩弄权力，贻害朝廷。冯保给人的印象是平和谨慎，虽然算不了学者，但是喜爱读书写字，弹琴下棋，有君子之风。他之得以被任为司礼太监，也有过一段曲折。原来的嘉靖时期，他已经是秉笔太监之一。隆庆时期，他被派掌管东厂。东厂是管理锦衣卫的特务机构，乃是皇帝的耳目，根据过去的成例，管厂者必升司礼太监。而由于他和大学士高拱不睦，没有能够升任这个太监中的最高职位。直到万历即位，高拱被逐，他才被太后授予此职。