万历的父亲隆庆，在本朝历史上是一个平淡而庸碌的皇帝。在他御字的五年半时间里，开始还常常举行早朝，但是他本人却对国政毫无所知，临朝时如同木偶，常常让大学士代答其他官员的呈奏。后期的几年里，则索性把这如同具文的早朝也加以免除。
1572年，万历皇帝即位，关于早朝这一仪式有了折中的变通办法。根据大学士张居正的安排，一旬之中，逢三、六、九日早朝，其他日子则不朝，以便年轻的皇帝可以有更多的时间攻读圣贤经传。这一规定执行以来已近15年，越到后来，圣旨免朝的日子也越来越多。与此同时，其他的礼仪，如各种祭祀，皇帝也经常不能亲临而是派遣官员代祭。实际上，万历皇帝的早朝，即使按规定举行，较之前代，已经要省简多了。首先是早朝的地点很少再在正殿，而且在一般情况下早朝人员都不经午门而集结于宣治门，所有骏马驯象的仪仗也全部减免不用。其次，御前陈奏也已流于形式，因为所有陈奏的内容都已经用书面形式上达，只有必须让全体官员所知悉的事才在早朝时重新朗诵一过。
万历登极之初，就以他高贵的仪表给了臣僚们以深刻的印象。他的声音发自丹田，深沉有力，并有余音袅袅。从各种迹象看来，他确实是一个早熟的君主。他自己说过他在5岁时就能够读书，按中国旧时的计算方法，那时他的实足年龄仅在3岁至4岁之间。尽管如此，在他御字之初，由于年龄太小，临朝时还需要在衣袖里抽出一张别人事先为他书写好的纸片，边看边答复各个官员的呈奏请示。他自然不能完全明白纸片上所写答语的含义，而只是一个尚未成年的儿童在简单地履行皇帝的职责。
他既为皇帝，在他的世界里没有人和他平等。在两位皇太后之外，他所需要尊敬的人只有两个：一个是张居正张先生，另一个是“大伴”冯保。这种观念，不消说是来自皇太后那里。张、冯两人结合在一起，对今后的政治形势产生了相当深远的影响。这一点，自然也不是当时不满10岁的万历皇帝所能理解的。
张居正似乎永远是智慧的象征。他眉目轩朗，长须，而且注意修饰，袍服每天都像崭新的一样折痕分明。他的心智也完全和仪表相一致。他不开口则已，一开口就能揭出事情的要害，言辞简短准确，使人无可置疑，颇合于中国古语所谓“夫人不言，言必有中”。
万历和他的两位母亲对张居正有特殊的尊重，并称之为“元辅张先生”，其原因说来话长。在隆庆皇帝去世的时候，高拱是当时的“首揆”，即首席内阁大学士。高拱自以为是先皇的元老重臣，不把新皇帝放在眼里。新皇帝有事派人询问高拱的意见，他竟敢肆无忌惮地对使者说：“你自称奉了圣旨，我说这是一个不满10岁的小孩的话。你难道能让我相信他真能管理天下大事吗？”在他的眼里，天子不过是小孩子，太后不过是妇道人家，这种狂妄跋扈是和人臣的身分决不能相容的。幸而上天保佑，还有忠臣张居正在，他立即献上奇计，建议采取断然措施解决高拱。1572年夏，有一天百官奉召在宫门前集合。一个宦官手执黄纸文书，这是两位太后的懿旨，也是新皇帝的圣旨。黄纸文书一经宣读完毕，跪在前列的高拱不禁神色大变。他已经被褫去官衔职位，并被勒令即日出京，遣返原籍。按照惯例，他从此就在原籍地方官的监视之下，终身不得离境。张居正在艰危之际保障了皇室的安全，建立了如此的殊勋，其取高拱而代之自属理所当然。
除了首揆以外，张居正又兼管万历的教育事务。小皇帝的五个主讲经史的老师、两个教书法的老师和一个侍读，都是他一手任命的。他还编订了讲章作为万历的教科书，有机会还亲自讲授。
万历皇帝学习的地方是文华殿。1572年秋天以后，他每天的功课有三项内容：经书、书法、历史。学习完经书以后，授课老师可以到休息室小憩，但皇帝本人却并不能那么清闲。这时候就出现了大伴冯保和其他宦官，他们把当天臣僚上奏的本章进呈御览。这些本章已经由各位大学士看过，用墨笔作了“票拟”。在冯保和其他宦官的协助下，皇帝用朱笔作出批示。
中午功课完毕，小皇帝在文华殿进午餐。下半天的大部分时间都可以自由支配，不过他仍然被嘱咐要复习功课，练习书法，默记经史。小皇帝对这种嘱咐丝毫不敢忽视，因为第二天必须背诵今天为他所讲授的经书和历史。如果准备充分，背书如银瓶泻水，张先生就会颂扬天子的圣明；但如果背得结结巴巴或者读出别字，张先生也立即会拿出严师的身分加以质问，使他无地自容。
在1578年大婚之前，万历和慈圣太后同住在乾清宫。太后对皇帝能否克尽厥职和勤奋学习均极为关怀，皇帝的其他行动也经常得到她的指导。至于冯保，当万历还是皇子的时候就是他的伴侣，提携捧抱，兢兢业业地细心照护，所以后来才被称为“大伴”。到这时候，冯保已经摆升为司礼监太监，也就是宫内职位最高的宦官。他经常向慈圣太后报告宫内外、包括皇帝本人的各种情况，慈圣因此而能耳目灵通，万历却因此而渐生畏惧。因为慈圣太后教子极为严格，如果大伴作出对皇帝不利的报告，太后一怒之下，皇帝就会受到长脆的处罚，有时竟可达几个小时之久。
在这样严厉的督导之下，万历的学习不断取得进步。他被教导说，做皇帝的最为重要的任务是敬无法祖，也就是敬重天道，效法祖宗。这种谆谆的教导在万历身上起到的作用很快就为一件事情所证明。当他登极还不满4个月，有客星出于阁道旁，其大如盏，光芒烛地。这颗被今天的天文学家称为Super－nova或Anno1572的出现，在当时被人们看成是上天将要降灾的警告。按照张先生的教导，万历赶紧检讨自己的思想、语言和行动，加以改正，以期消除天心的不快。这次“星变”延续了两年之久，皇帝的“修省”也就相应地历时两年，并且在今后相当长的时间内，他不得不注意节俭，勤勉诚恳地处理政务和待人接物，力求通过自己的努力化凶为吉。
学习的进步更加突出地体现在书法上。慈圣太后和大伴冯保都是书法爱好者，他们对皇帝在这方面的进步时时加以鼓励。万历年方10岁，就能书写径尺以上的大字。有一次，他让张居正和其他大学士观看他秉笔挥毫，写完以后就赏赐给了这些大臣。张居正谢恩领受，但在第二天他就启奏皇帝：陛下的书法已经取得很大的成就，现在已经不宜在这上面花费过多的精力，因为书法总是末节小技。自古以来的圣君明主以德行治理天下，艺术的精湛，对苍生并无补益。像汉成帝、梁元帝、陈后主、隋炀帝和宋徽宗、宁宗，他们都是大音乐家、画家、诗人和词人，只因为他们沉缅在艺术之中，以致朝政不修，有的还身受亡国的惨祸。对于这忠心耿耿的进谏，小皇帝自然只能听从。在1578年之后，他的日课之中就取消了书法而只留下了经史。
物力的节约也在宫内开始。过去一个世纪，每逢正月十五上元佳节，各宫院都有鳌山烟火和新样宫灯，辉煌如同白昼。在张居正的提议之下，这一铺张浪费的项目遂被废止。万历曾想为他母亲修理装潢宫室以表示孝思，张居正却认为各官院已经十分富丽完美，毋须再加修饰。他又针对万历关心宫内妇女喜欢珠玉玩好一事，指出为人主者，应当随时注意天下臣民的衣食，至于珠玉玩好，饥不能食，寒不能衣，不值得陛下亲垂关注。